巡检司始于
五代，盛于
两宋，
金及
西夏也有类似设置。
元因宋金遗制，所设巡检司主要为州县所属捕盗官，另有京师、沿海、蛮夷地区的较特殊形态。在元代官署中，巡检司是品秩最低的一种。但因
澎湖巡检司之设，以闻名通途，颇为世人所瞩目，而且在宋元明清巡检司系列中社区捕盗官属性最为典型。
巡检司在元朝，明朝与清代为县级衙门底下的基层组织。该组织于元朝时，通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，除了无行政裁量权之外，也没有常设主官管，其功能性以军事为主。明朝依其例沿用，不过佐以行政权力。 晚清，中国人口大增，相对的县衙数量并无增多，于是次县级的巡检司在数量上与功能上日渐增多，也多有
通判等官职设置。