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国家领土主权与海洋权益协同创新中心溯源于武汉大学在该领域悠久的历史传统。2007年4月，外交部基于国家边界海洋事务的需要和武汉大学已有的基础，建议并支持武汉大学成立了中国边界与海洋研究院。武汉大学打破院系界限，整合文法理工学科资源，汇聚国内外高端人才，建成了“校部共建、专兼结合、优势集成、开放运行”的实体性、跨学科研究平台。2011年，边海院被外交部、海洋局聘为海洋问题咨询机构。武汉大学五年多协同创新的实验为国家领土主权与海洋权益协同创新中心的组建积累了宝贵的经验，奠定了良好的基础。