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中国科学院青藏高原研究所（以下简称“青藏高原所”）是院党组根据国家经济社会发展重大战略需求和国际科学前沿发展趋势，在知识创新工程科技布局和组织结构调整中成立的研究所之一。
青藏高原所于2003年成立，实行“一所三部”的特殊运行方式，三个部分别设在北京、拉萨和昆明。北京部的主要功能是科学实验基地、学术交流基地、国际交流基地和综合协调基地；拉萨部的主要功能是科学观测研究的野外基地、国际合作研究的野外基地、西藏高水平科学实验基地、西藏社会经济发展的服务基地和西藏科学普及和爱国主义教育基地；昆明部的主要功能是青藏高原种质资源保存基地和极端环境下生物的生态适应性及遗传资源研究基地。
截至2014年底，青藏高原所全体在职职工248人。据2016年6月研究所官网显示，中国科学院青藏高原研究所有在读研究生205人，其中硕士生70名、博士生100名、博士留学生35人，博士后30多人。该所设科研有院重点实验室3个，院重点野外台站5个；2014年1月21日，依托青藏高原所建设的中国科学院青藏高原地球科学卓越创新中心正式成立；另有加德满都科教中心。